Cees van der Poel studeerde orgel bij Albert de Klerk in Haarlem en bij Hans van Nieuwkoop aan het Sweelinck Conservatorium Amsterdam. Daarnaast rondde hij in Amsterdam een studie kerkmuziek af en aan het Maastrichts Conservatorium een hoofdvakstudie piano bij Frédéric Meinders en Joop Celis.
Van der Poel is werkzaam als uitvoerend musicus, docent en koordirigent.
Hij werkt als zelfstandig adviseur op orgelbouwgebied en is als zodanig verbonden aan de grote rooms-katholieke en protestantse kerkelijke koepels. In samenwerking met de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed begeleidt hij restauraties van monumentale orgels.
Verder maakt Van der Poel deel uit van de redacties van maandblad ‘Het Orgel’ en de encyclopedie Het Historische Orgel in Nederland.
Vanaf 1998 tot 2011 is Cees van der Poel organist geweest van de Morgenster te Hilversum.
Al vanaf de oprichting maakt Van der Poel deel uit van het ensemble La Barca Leyden als vaste continuospeler.